antibody.py: output_cter_constraint(base,prefix,decoy) inconsistently omits decoy information
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Evaluación
- Dificultad
- 2/5
- Tiempo estimado
- 1-3 horas
- Aptitud para principiantes
- 52/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bien especificado
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics, tooling
Línea de trabajo
Start in antibody/antibody.py at output_cter_constraint, especially the file creation near line 1286 and the output near line 1306; compare these with the decoy-dependent invocation near line 1246. Done means the generated text retains the correct decoy information for each invocation without overwriting another decoy's output.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello,
I found this while I was commenting all the functions in antibody.py, see pull request https://github.com/RosettaCommons/tools/pull/31 .
The function output_cter_constraint(base,prefix,decoy) is meant to add information in a text file for a separate tool to interpret and further improve a cognate .pdb file. The routine is passed a decoy number, but that information is not used in line
https://github.com/RosettaCommons/tools/blob/master/antibody/antibody.py#L1286
where the file is created. Consequently, since the invocation is clearly dependent on that decoy number on line
https://github.com/RosettaCommons/tools/blob/9db2953dea18ba008e8c738e71df4074a44e32b1/antibody/antibody.py#L1246
there is some information overwritten. The decoy also needs to be added here
https://github.com/RosettaCommons/tools/blob/9db2953dea18ba008e8c738e71df4074a44e32b1/antibody/antibody.py#L1306
Cheers,
Steffen
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 9
- Forks
- 4
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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