unresolvable fk cycles between concept and concept_class

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
postgresql, python
Área
databases

Línea de trabajo

Comience con ddl/5.4/postgresql/OMOPCDM_postgresql_5.4_ddl.sql alrededor de las líneas 422 y 444 y, a continuación, inspeccione las definiciones de claves foráneas correspondientes alrededor de las líneas 156 y 159 en OMOPCDM_postgresql_5.4_constraints.sql. Determine si el esquema proporciona una ruta de inserción compatible que preserve ambas restricciones; documente el procedimiento verificado o la corrección de esquema necesaria, con un ejemplo reproducible que demuestre que se pueden insertar datos de concept y concept_class.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Question

Howdy lovely CDM Community,

i am new to all this and i am in the process to create a bunch of python representations for the OMOP-CDM Model (https://github.com/DZD-eV-Diabetes-Research/dzd-omop-cdm-python-models) .

Now i ran into a problem with the CDM schema leaving me scratching my head:

In 5.4 we have the table concept which has a NOT NULL-able foreign key that references concept_class

FK Col concept_class_id in concept: https://github.com/OHDSI/CommonDataModel/blob/main/ddl/5.4/postgresql/OMOPCDM_postgresql_5.4_ddl.sql#L422

FK definition: https://github.com/OHDSI/CommonDataModel/blob/main/ddl/5.4/postgresql/OMOPCDM_postgresql_5.4_constraints.sql#L156

At the same time we have a NOT NULL-able foreign key in concept_class that references concept

FK Col concept_class_concept_id in concept_class - https://github.com/OHDSI/CommonDataModel/blob/main/ddl/5.4/postgresql/OMOPCDM_postgresql_5.4_ddl.sql#L444

FK definition: https://github.com/OHDSI/CommonDataModel/blob/main/ddl/5.4/postgresql/OMOPCDM_postgresql_5.4_constraints.sql#L159

The problem is if i want to create a new row in concept i need an existing concept_class to reference but if i want to create concept_class i need an existing concept to reference but if i want to create a new concept... you get the point :)

How am i supposed to insert concept data without having some cumbersome scripts that will disable constraints under certain circumstances (which runs against the whole idea of having a data model with constraints in the first place)

I could not find any information on how to solve this in a cleanly manner. if anyone has any hints for me, I would be very grateful. cheers.

Lenguaje dominante
HTML
Estrellas
1.1k
Forks
515
Merge medio
10 d 13 h
PR fusionados (30 d)
3

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

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