Merck/deepbgc

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BGC Detection and Classification Using Deep Learning

Estrellas: 161
Forks: 29
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 34

Lenguaje dominante: Jupyter Notebook
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 11/11/2023
Última indexación: 19/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Installing DeepBGC for pipeline integration Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#104 · Abierto el 3/10/2025
why not plant? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

Merck/deepbgc#102 · Abierto el 28/6/2025
[Question] How can I use precomputed genes via GFF format with DeepBGC? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#101 · Abierto el 1/10/2024
DeepBGC failed with ValueError: Grouper for 'sequence_id' not 1-dimensional Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#100 · Abierto el 29/7/2024
installing deepbgc Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#99 · 1 comentario · Abierto el 24/6/2024
ValueError: End location (8780) must be greater than or equal to start location (9428) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Merck/deepbgc#98 · Abierto el 20/3/2024
deepbgc info crash - same as Issue #39 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Merck/deepbgc#97 · Abierto el 20/2/2024
User Warning Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#96 · Abierto el 8/2/2024
Looking for individual genes Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

Merck/deepbgc#94 · Abierto el 17/11/2023
running "deepbgc info" issue Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

Merck/deepbgc#91 · 1 reacción · Abierto el 9/6/2023
Bugs for protein input Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#90 · 1 comentario · Abierto el 10/5/2023
Hmmer and Prodigal Package Access Problem Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#89 · 1 comentario · Abierto el 24/4/2023
Could deepBGC be used for special gene clusters? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#88 · Abierto el 20/4/2023
what "inhibitor" means??? Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 20/100

Merck/deepbgc#87 · Abierto el 21/2/2023
fit_generator Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#86 · Abierto el 13/2/2023
how to create negative samples? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#85 · 1 comentario · Abierto el 8/12/2022
how to get a cluster? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

Merck/deepbgc#83 · Abierto el 18/10/2022
WARNING: Tensor flow backened message when running deepbgc info into the CLI Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#82 · 1 comentario · Abierto el 4/10/2022
Visualization Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

Merck/deepbgc#80 · 1 comentario · Abierto el 20/9/2022
bug in get_proteins_by_id affecting pfam annotator Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

Merck/deepbgc#78 · 4 comentarios · Abierto el 6/9/2022
Error during detector training Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#73 · 5 comentarios · Abierto el 15/5/2022
How to get antismash and deebgc cobined svg? Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 20/100

Merck/deepbgc#72 · Abierto el 12/5/2022
I am getting an issue regarding memory, how to solve this ? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

Merck/deepbgc#71 · Abierto el 20/3/2022
DeepBGC failed with ValueError: missing molecule_type in annotations Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

Merck/deepbgc#67 · 4 comentarios · Abierto el 11/2/2022
deepbgc pipeline does not seem to use more than 2 cores? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#65 · 2 comentarios · Abierto el 19/1/2022
Deepbgc installation through conda Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 20/100

Merck/deepbgc#61 · 5 comentarios · Abierto el 23/9/2021
Automatically re-annotate PFAM domains if they are incompatible Abierto

bug

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

Merck/deepbgc#58 · 3 comentarios · Abierto el 6/7/2021
Installing deepBGC Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Merck/deepbgc#56 · 8 comentarios · Abierto el 17/5/2021
Installing 0.1.26 with Anaconda Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

Merck/deepbgc#54 · 2 comentarios · Abierto el 10/4/2021
Problem for training DeepBGC from scratch Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#46 · 6 comentarios · Abierto el 26/2/2021
using deepBGC with metagenomes Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

Merck/deepbgc#43 · 9 comentarios · Abierto el 26/11/2020
Retrain on MIBiG 2.0 Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

Merck/deepbgc#37 · 11 comentarios · Abierto el 5/5/2020
Provide alternative versions of DeepBGC model Abierto

enhancement

Merck/deepbgc#9 · 1 asignado · Abierto el 24/3/2019
antiSMASH-compatible JSON output Abierto

enhancement

Merck/deepbgc#8 · 1 asignado · Abierto el 24/3/2019

Merck/deepbgc

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