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PyJulia not working with Julia 1.6 and Python 3.9

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
30/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
docker, julia, jupyter, python
Área
developer-experience, tooling

Línea de trabajo

Comienza con el punto de entrada Julia(...) en julia/core.py y reprodúcelo en la imagen de Docker de Jupyter referenciada usando Python 3.9 y Julia 1.6. Compara la llamada fallida a Base.require a través de PyJulia con la misma llamada desde el ejecutable de Julia, usando como contexto la configuración de PyCall del Dockerfile. Se considera completado cuando PyJulia se inicializa correctamente en ese entorno y el fallo queda cubierto por una comprobación de regresión.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

This looks a lot like: https://github.com/JuliaPy/pyjulia/issues/425 . Apologies ahead of time if this is just adding noise.

I'm working on a Jupyter Docker Image, where we previously supported PyJulia. This was working with an older base image that used Julia 1.2 . We're now updating to a newer jupyter image, which is pulling Julia 1.6, and PyJulia, has now started failing.

Here's my code:

from julia.api import Julia
jl = Julia(compiled_modules=False, debug=True)

And here's the output:

DEBUG (428) 
DEBUG (428) Debug-level logging is enabled for PyJulia.
DEBUG (428) PyJulia version: 0.5.6
DEBUG (428) 
DEBUG (428) pyprogramname = /opt/conda/bin/python3
DEBUG (428) sys.executable = /opt/conda/bin/python
DEBUG (428) bindir = /opt/julia-1.6.0/bin
DEBUG (428) libjulia_path = /opt/julia-1.6.0/bin/../lib/libjulia.so.1
DEBUG (428) py_libpython = None
DEBUG (428) jl_libpython = /opt/conda/lib/libpython3.9.so.1.0
DEBUG (428) is_compatible_python = False
DEBUG (428) compiled_modules = 'no'
DEBUG (428) argv_list = [b'/opt/conda/bin/python', b'--compiled-modules', b'no']
DEBUG (428) argc = c_int(3)
DEBUG (428) jl_parse_opts called
DEBUG (428) argc = c_int(0)
DEBUG (428) calling jl_init_with_image(/opt/julia-1.6.0/bin, /opt/julia-1.6.0/lib/julia/sys.so)
DEBUG (428) seems to work...
DEBUG (428) exception occured? 140585542159504
---------------------------------------------------------------------------
JuliaError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-1-85ca7f15393c> in <module>
      5 
      6 from julia.api import Julia
----> 7 jl = Julia(compiled_modules=False, debug=True)

/opt/conda/lib/python3.9/site-packages/julia/core.py in __init__(self, init_julia, jl_init_path, runtime, jl_runtime_path, debug, **julia_options)
    501         # Currently, PyJulia assumes that `Main.PyCall` exsits.  Thus, we need
    502         # to import `PyCall` again here in case `init_julia=False` is passed:
--> 503         self._call(IMPORT_PYCALL)
    504         self._call(u"using .PyCall")
    505 

/opt/conda/lib/python3.9/site-packages/julia/core.py in _call(self, src)
    536         # logger.debug("_call(%s)", src)
    537         ans = self.api.jl_eval_string(src.encode('utf-8'))
--> 538         self.check_exception(src)
    539 
    540         return ans

/opt/conda/lib/python3.9/site-packages/julia/core.py in check_exception(self, src)
    585         else:
    586             exception = sprint(showerror, self._as_pyobj(res))
--> 587         raise JuliaError(u'Exception \'{}\' occurred while calling julia code:\n{}'
    588                          .format(exception, src))
    589 

JuliaError: Exception 'LoadError' occurred while calling julia code:
const PyCall = Base.require(Base.PkgId(Base.UUID("438e738f-606a-5dbb-bf0a-cddfbfd45ab0"), "PyCall"))

I'm working with Jupyter, with an image based on: https://github.com/jupyter/docker-stacks/blob/master/datascience-notebook/Dockerfile (but with PyCall also installed and precompiled via our Dockerfile).

If I run PyCall = Base.require(Base.PkgId(Base.UUID("438e738f-606a-5dbb-bf0a-cddfbfd45ab0"), "PyCall")) from the /opt/julia-1.6.0/bin/julia executable, it does work... so it appears PyCall is installed for that executable. I'm unsure how to get PyJulia to see the package - and I'm not sure if I'm missing something obvious.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
893
Forks
101
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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