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I24 Serial: Allow sample selection

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
30/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
typescript
Área
database, frontend

Línea de trabajo

No se nombran archivos ni pruebas. Empieza por localizar la I24 Serial collect UI y su campo Sample existente, y luego rastrea cómo se representan en la base de datos la visita/propuesta seleccionada y las recopilaciones de datos. Resuelve las cuestiones dependientes de la base de datos y del registro antes de la implementación; terminado significa que el selector se rellena con visitas y que cada recopilación está asociada al Sample seleccionado.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

The I24 Serial collect UI should allow the user to select which sample-protein-crystal is being collected. This crystal should be associated with the data collection as a BLSample, for sample grouping and analysis (metadata e.g. space group/unit cell) purposes. This list should be auto-populated based on the currently selected visit/proposal.

There are added complications about how to handle metadata about whether these shot crystal populations are actually comparable (e.g. pump-probe, ligand injection experiments) but that can probably be handled as downstream work.

Dependent work
  • Deciding how to tie this to database representation e.g. exactly what is listed
  • Allowing users/beamline staff to register these representations
  • Working out what needs to be created in the database for each collection (e.g. should a container be automatically generated for each sample for each collection).

Currently the "Sample" field linked on an individual collection is a specific instance of e.g. a single crystal, which exists on a single container (puck), which was shipped in a dewer.

erDiagram
    DataCollection }o--o| BLSample : Has
    BLSample }o--o| Crystal : Is
    Crystal }o--|| Protein : Is
    BLSample }o--o| Container : Inside
    Container }o--o| Dewer : Inside

The synchweb interface for registering these is heavily tied to the user-registering-for-shipping workflow and might not be fit-for-purpose for what we want to do here. A Beamline-scientist-runnable way to register whatever construction we want for this would be acceptable.

Acceptance Criteria
  • A selector field that lets the user specify what is being shot.
  • This field is automatically populated from the database based on the currently selected visit.
  • When data collections are made, it has an associated sample that maps to this selection.
Lenguaje dominante
TypeScript
Estrellas
1
Forks
1
Merge medio
5 h 12 min
PR fusionados (30 d)
4

Preparar el entorno

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  • Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
  • Sin plantilla de pull request
  • Sin guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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