["model"] Results from running files (models, __init__, parameters, constants, base, validators) from develop branch in notebook differ from CHIME web app census csv download
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 20/100
Línea de trabajo
Comience con el archivo adjunto automated_notebook_to_text.txt y los archivos bajo src/pnn_chime, incluidos models, init, parameters, constants, base y validators. Reproduzca la ejecución local y compare su CSV o XLSX de censo proyectado para la región proporcionada con la descarga de la aplicación web CHIME; se considera terminado cuando la discrepancia está explicada y se ha identificado una corrección sugerida.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Summary
I work for a data science team at a health system, we have limited knowledge/prior experience running docker containers etc so we downloaded (via urllib.request) the files in the src/pnn_chime folder to run locally and output csvs for patient census in each one of our regions our health system covers. code is in attached notebook. fyi, was having problems getting the relative imports to run so I regexed them out so the file could be run by exec().
The output from doing this direct file download and running is different than the output from the CHIME web app even though the same files should be running in both examples
Additional details
ex row of region data:
Pop | current_hosp | date first hosp | doubling_time | initial_infections | hosp_rate | icu_rate | vent_rate | hosp_los | icu_los | vent_los | market_share
-- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | -- | --
604227 | 14 | 3-18-2020 | 7 | 61 | 0.025 | 0.01 | 0.0075 | 7 | 9 | 10 | 0.233
output for that region
2020-04-05_projected_census.xlsx
python notebook file as text file:
automated_notebook_to_text.txt
Suggested fix
unknown
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 210
- Forks
- 153
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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