tseemann/snippy

Variant's visualization

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#297 geöffnet am 04.07.2019

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Beschreibung

Hi,

I am using Snippy for studying the variants between two or more isolates. When I check the variants that appear in the vcf file from Snippy in IGV, I do not see those variants in the BAM files. I have realized that the correspondence is better when I compare a greater number of isolates. Could anybody help me?

Thank you very much!!!

Contributor Guide

Research-Richtung
Prüfen Sie die VCF und BAM Dateien, um die Ausrichtung zu überprüfen, und kontrollieren Sie die Variantenaufrufparameter von Snippy.
Tech Stack
perl
Domain
cli
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Git
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
50