tseemann/nullarbor

including low coverage sequences causes nullarbor to exit prematurely without error message

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#40 geöffnet am 01.02.2016

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 (6 Kommentare) (0 Reaktionen) (1 zugewiesene Person)Perl (39 Forks)github user discovery
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Beschreibung

Nullarbor seemed to stop during assembly stage using spades - I couldn't see any error message. I found 2 sequences that were low coverage (9x and 17x), and when I re-ran nullarbor in the same folder using an edited Makefile excluding these two sequences, it ran as expected.

Contributor Guide

Research-Richtung
Überprüfen Sie das Makefile und die Spades Assembly Befehle, um zu ermitteln, warum Sequenzen mit niedriger Abdeckung ohne Fehlermeldung vorzeitig beendet werden.
Tech Stack
perl
Domain
data
Issue Type
Fehler
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
2
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
1-3 Stunden
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
Git
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
75