nf-core/deepvariant

Add CRAM support

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#26 geöffnet am 20.02.2020

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feature-requestgood first issue

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Beschreibung

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

Contributor Guide

Research-Richtung
Untersuchen Sie, wie die Pipeline derzeit BAM Dateien findet, und ändern Sie sie so, dass sie auch CRAM Dateien verarbeitet. Beachten Sie, dass CRAM ein Referenzgenom für die Dekompression benötigt. Prüfen Sie daher, wie Sie es in der Pipeline Konfiguration bereitstellen können.
Tech Stack
Keine
Domain
backend
Issue Type
Funktion
SchwierigkeitGeschätzte Implementierungsschwierigkeit für neue Contributors, von 1 für sehr kleine Änderungen bis 5 für Expertenarbeit.
3
Geschätzte ZeitEin grober Zeitrahmen, um zu recherchieren, zu implementieren, zu testen und einen Pull Request vorzubereiten.
Halber Tag
AktivitätsstatusWie verfügbar das Issue gerade wirkt: frisch, aktiv, stale, blockiert oder wartet auf Maintainer-Input.
Aktiv
KlarheitWie klar das Issue die erwartete Änderung, Akzeptanzkriterien und den nächsten Schritt erklärt.
Klar
Voraussetzungen
GitNextflow
EinsteigerfreundlichkeitEin Score von 1 bis 100, der schätzt, wie zugänglich dieses Issue für First-Time Contributors ist.
65