sanger-tol/sequencecomposition

Stop codon frequency track

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#26 创建于 2024年6月17日

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描述

Implement this as a follow-up to fasta_windows, which already count the frequencies of every 3-mer.

We may need to add a parameter to the pipeline to select the right codon table (or add a taxon_id parameter ? is it recorded already in the JSON we get from NCBI datasets ?)

贡献者指南

研究方向
检查现有的fasta windows模块，了解如何计算3 mer频率。确定在哪里添加终止密码子频率轨道以及如何参数化密码子表。检查NCBI数据集的输入JSON是否包含taxon id以自动选择正确的密码子表。
技术栈
groovyshell
领域
bioinformaticsdata
议题类型
功能
难度面向新贡献者的预计实现难度，1 表示很小改动，5 表示专家级工作。
2
预计时间有经验贡献者完成调查、实现、测试并准备 pull request 的粗略时间范围。
1-2 天
活动状态议题当前的可参与程度：新鲜、活跃、陈旧、阻塞或等待维护者输入。
活跃
清晰度议题是否清楚说明期望改动、验收标准和下一步。
基本清晰
前置要求
GitNextflow
新手友好度1-100 的估计分数，表示该议题对首次贡献者的友好程度。
60