r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

Open

#9 创建于 2018年5月16日

在 GitHub 查看
 (0 评论) (0 反应) (3 负责人)Python (11 fork)github user discovery
feature requesthelp wanted

仓库指标

Star
 (104 star)
PR 合并指标
 (PR 指标待抓取)

描述

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

贡献者指南

研究方向
按照edgeR文档实现FPKM归一化，然后进行TMM、RLE和上分位数归一化。确保与现有的CPM和RPKM实现一致。
技术栈
python
领域
bioinformatics
议题类型
功能
难度面向新贡献者的预计实现难度，1 表示很小改动，5 表示专家级工作。
3
预计时间有经验贡献者完成调查、实现、测试并准备 pull request 的粗略时间范围。
1-2 天
活动状态议题当前的可参与程度：新鲜、活跃、陈旧、阻塞或等待维护者输入。
活跃
清晰度议题是否清楚说明期望改动、验收标准和下一步。
清晰
前置要求
Pythonbiology fundamentals
新手友好度1-100 的估计分数，表示该议题对首次贡献者的友好程度。
50