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AWS Batch Fargate requires exact CPU values?

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#5,781 创建于 2025年2月12日

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 (4 评论) (0 反应) (0 负责人)Groovy (784 fork)batch import
executor/aws-batchgood first issue

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描述

When running wf-human-variation from ONT on AWSBatch Fargate, I get this error

ERROR ~ Error executing process > 'ingress:minimap2_alignment (1)'

Caused by:
  Requirement of 12 CPUs is not allowed by Fargate -- Check process with name 'ingress:minimap2_alignment (1)'

From what I can tell it's because the requested CPU value does not match one from the list found here:

https://github.com/nextflow-io/nextflow/blob/944f48f9b52d47032bf57e16cfe11fe9410972b2/plugins/nf-amazon/src/main/nextflow/cloud/aws/batch/AwsBatchTaskHandler.groovy#L923-L943

It seems a bit restrictive to require specific CPU values, am I doing something wrong or is that in fact the case?

贡献者指南

研究方向
该问题指向 Nextflow AWS Batch 插件中的一个特定文件：AwsBatchTaskHandler.groovy 的第 923-943 行，其中定义了 Fargate 允许的 CPU 值列表。错误发生是因为进程请求了 12 个 CPU，而该值不在列表中。一个潜在的修复方法是：要么将进程的 CPU 请求调整为有效的 Fargate 值，要么修改插件以自动向上取整到最近允许的值（如果 AWS 允许）。问题描述清晰且文档完善，目前尚无关联的 PR。
技术栈
groovyaws
领域
backendcloudinfrastructure
议题类型
缺陷
难度面向新贡献者的预计实现难度，1 表示很小改动，5 表示专家级工作。
3
预计时间有经验贡献者完成调查、实现、测试并准备 pull request 的粗略时间范围。
1-2 天
活动状态议题当前的可参与程度：新鲜、活跃、陈旧、阻塞或等待维护者输入。
新近可参与
清晰度议题是否清楚说明期望改动、验收标准和下一步。
基本清晰
前置要求
AWS BatchFargateGroovy programming
新手友好度1-100 的估计分数，表示该议题对首次贡献者的友好程度。
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