sanger-tol/sequencecomposition

Stop codon frequency track

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#26 建立於 2024年6月17日

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描述

Implement this as a follow-up to fasta_windows, which already count the frequencies of every 3-mer.

We may need to add a parameter to the pipeline to select the right codon table (or add a taxon_id parameter ? is it recorded already in the JSON we get from NCBI datasets ?)

貢獻者指南

研究方向
檢查現有的fasta windows模組，了解如何計算3 mer頻率。確定在哪裡添加終止密碼子頻率軌道以及如何參數化密碼子表。檢查NCBI數據集的輸入JSON是否包含taxon id以自動選擇正確的密碼子表。
技術棧
groovyshell
領域
bioinformaticsdata
議題類型
功能
難度面向新貢獻者的預計實作難度，1 表示很小改動，5 表示專家級工作。
2
預計時間有經驗貢獻者完成調查、實作、測試並準備 pull request 的粗略時間範圍。
1-2 天
活動狀態議題目前的可參與程度：新鮮、活躍、陳舊、阻塞或等待維護者輸入。
活躍
清晰度議題是否清楚說明預期改動、驗收標準和下一步。
大致清晰
前置要求
GitNextflow
新手友善度1-100 的估計分數，表示該議題對首次貢獻者的友善程度。
60