r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

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#9 建立於 2018年5月16日

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描述

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

貢獻者指南

研究方向
依照edgeR文件實作FPKM標準化，接著進行TMM、RLE和上分位數標準化。確保與現有的CPM和RPKM實作一致。
技術棧
python
領域
bioinformatics
議題類型
功能
難度面向新貢獻者的預計實作難度，1 表示很小改動，5 表示專家級工作。
3
預計時間有經驗貢獻者完成調查、實作、測試並準備 pull request 的粗略時間範圍。
1-2 天
活動狀態議題目前的可參與程度：新鮮、活躍、陳舊、阻塞或等待維護者輸入。
活躍
清晰度議題是否清楚說明預期改動、驗收標準和下一步。
清晰
前置要求
Pythonbiology fundamentals
新手友善度1-100 的估計分數，表示該議題對首次貢獻者的友善程度。
50