nf-core/deepvariant

Add CRAM support

開放

#26 建立於 2020年2月20日

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倉庫指標

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PR 合併指標
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描述

Currently, the pipeline uses "*.bam" to find input files. We have, for a while now, switched to CRAM since the space savings are significant (50%). Any chance that the pipeline could be updated to natively support cram (DV does, as far as I know)?

貢獻者指南

研究方向
調查管道目前如何發現 BAM 檔案，並修改它以同時處理 CRAM 檔案。請注意，CRAM 需要參考基因組進行解壓縮，因此請檢查如何在管道配置中提供它。
技術棧
無
領域
backend
議題類型
功能
難度面向新貢獻者的預計實作難度，1 表示很小改動，5 表示專家級工作。
3
預計時間有經驗貢獻者完成調查、實作、測試並準備 pull request 的粗略時間範圍。
半天
活動狀態議題目前的可參與程度：新鮮、活躍、陳舊、阻塞或等待維護者輸入。
活躍
清晰度議題是否清楚說明預期改動、驗收標準和下一步。
清晰
前置要求
GitNextflow
新手友善度1-100 的估計分數，表示該議題對首次貢獻者的友善程度。
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