stan-dev/bayesplot

mcmc_pairs bivariate off-diagonal plot axis incorrect.

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#132 aberto em 17 de dez. de 2017

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Description

Data file: https://drive.google.com/open?id=1pnAUDCz9uscccSaUISodF9cqGF23uNzU

Off-diagonal bivariate scatter plot axes are out of line

My understanding from the documentation is that half the chains are used for each of the off-diagonal plots. In this example case (see posterior data file linked above) the chains have not converged and so the lower off-diagonal plot seems to be using chains that only sampled from one mode, using default condition I think this should be correct. I believe the x-axis should be inline with the above univariate marginal plot and the y-axis inline scaled as the x-axis of the upper off-diagonal bivariate plot?

load(file = "posterior.arr.RData")
mcmc_pairs(posterior, pars = c("u","v"))

mcmc_pairs_joint_samples_missing_data

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Inspecione a função mcmc pairs no pacote bayesplot para entender como os eixos dos gráficos fora da diagonal são definidos. Verifique se os limites dos eixos são herdados corretamente dos respectivos gráficos marginais. O problema provavelmente está na lógica de escala dos eixos para os painéis fora da diagonal.
Pilha de tecnologia
r
Domain
data
Tipo Issue
Bug
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
R
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
65