roybens/MEA_Analysis

Preprocessing: SpikeInterface local CMR local_radius=(250,250) likely empty annulus; falls back to global

Aberta

#125 aberto em 2 de fev. de 2026

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Description

Summary

Local common median reference (CMR) in preprocessing seems like it should fail local_radius=(250, 250), causing fallback to global CMR every time. Not sure if this is the intent, or if I'm misunderstanding the code. I also wrote a note near the offending code for greater context (in aw_dev branch)

Impact

  • Potentially changes preprocessing behavior and downstream burst/network metrics.
  • Might be happening on most/ all runs (needs confirmation).

Where

MEA_Analysis/IPNAnalysis/mea_analysis_routine.py in run_preprocessing():

rec = spre.common_reference(rec, reference='local', operator='median', local_radius=(250, 250))

Expected behavior

  • Warning logged: Local CMR failed (missing locations?), using Global CMR.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Inspecione o parâmetro local radius na chamada common reference para determinar por que ele leva a um anel vazio, causando fallback para o CMR global.
Pilha de tecnologia
python
Domain
data
Tipo Issue
Bug
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
PythonGit
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
75