r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

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#9 aberto em 16 de mai. de 2018

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Description

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Implemente a normalização FPKM conforme a documentação do edgeR, depois prossiga para TMM, RLE e normalização do upper quantile. Garanta consistência com as implementações existentes de CPM e RPKM.
Pilha de tecnologia
python
Domain
bioinformatics
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Pythonbiology fundamentals
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
50