r-bioinformatics/edgePy

design testing procedures

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#10 aberto em 16 de mai. de 2018

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Description

Design procedures for testing the analysis workflow and comparing it to the edgeR/limma/Glimma R implementation so that we can ensure reproducibility, test performance, features, parity, upgrades, etc.

This could possibly include things such as:

  • reproducing DGE analysis from published studies in both the R workflows and the python workflows.
  • performing DGE analysis on publicly available datasets such as human cell line data, public data from GEO, etc, as long as the datasets are openly available to use.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Projete procedimentos de teste para comparar as saídas do edgePy com edgeR/limma/Glimma usando conjuntos de dados públicos. Foco em reproduzir análises DGE publicadas e garantir paridade de recursos.
Pilha de tecnologia
python
Domain
testing
Tipo Issue
Teste
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
PythonRDifferential Expression Analysis
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
40