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Refactor `EmpiricalGroup` to take `InferenceData` inputs

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#5.884 aberto em 12 de jun. de 2022

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Description

To decrease our dependence on MultiTrace, and to improve support for workflows were InferenceData objects are saved to disk, the EmpiricalGroup approximation should be refactored.

Currently it takes only MultiTrace inputs, but that's just because it needs access to transformed posterior draws. Since the approximation is created inside a modelcontext, it should be no problem to get the transforms from the Model and apply them to untransformed posterior draws.

Steps

  1. Write a function to transform posterior draws given a pm.Model instance and an xarray.Dataset (e.g. idata.posterior) containing untransformed draws.
  2. Refactor EmpiricalGroup to work with that xarray variable instead of a MultiTrace
  3. Maintain backwards-compatibility (with a deprecation warning) by automatically converting MultiTrace inhputs to InferenceData internally

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Escreva uma função para transformar as amostras posteriores com base em um pm.Model e um xarray.Dataset, em seguida, refatore o EmpiricalGroup para usar essa função, mantendo a compatibilidade retroativa com um aviso de depreciação para entradas MultiTrace.
Pilha de tecnologia
python
Domain
backend
Tipo Issue
Refatoração
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
PythonPyMCxarray
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
60