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Cumulative job duration (realtime) in the nextflow execution report

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#6.298 aberto em 22 de jul. de 2025

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Description

New feature

The nextflow execution report is a very helpful tool for profiling pipeline performance and resource allocation. The current report describes well the per-process distribution of runtimes, but does not report the cumulative realtime duration by process.

Use case

I have some process which run in reasonable amount of time, but are executed many thousands of times, leading to very large cumulative runtimes. These processes are great candidates for performance optimization, but do not stand out in the current report.

Suggested implementation

I currently derive this from the trace file, but it would be right at home as a cumulative runtime bar plot in a separate tab of the Job Duration section of the execution report.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Comece examinando o código existente de geração de relatório de execução, provavelmente nos módulos que produzem HTML/gráficos. Procure a seção "Job Duration" e como o gráfico de distribuição atual é construído. O gráfico de barras de duração cumulativa pode ser adicionado como uma nova aba seguindo o mesmo padrão. Considere aproveitar a análise de arquivo de rastreamento já existente. Como não há comentários ou PRs, o colaborador deve propor um design na issue antes de codificar.
Pilha de tecnologia
groovy
Domain
performancedata
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Recente
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Principalmente claro
Prerequisites
Familiarity with Nextflow execution reportBasic Groovy/Java knowledge
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
50