nextflow-io/nextflow

Add error strategy shortcuts

Open

#563 aberto em 10 de jan. de 2018

Ver no GitHub
 (11 comments) (0 reactions) (0 assignees)Groovy (784 forks)batch import
good first issue

Métricas do repositório

Stars
 (3.382 stars)
Métricas de merge de PR
 (Mesclagem média 16d 9h) (54 fundiu PRs em 30d)

Description

The errorStrategy 'retry' implicitly terminates the execution when a task exceeds the max number of allowed retries.

There are use cases in which the user wants to ignore of finish the workflow execution. This is possible by using a dynamic error strategy (closure). However it would be useful to provide two new synthetic error strategies to simplifies the above use case, such as:

  • retryThenIgnore: task execution is retried in case of error, if the errors exceed the maximum number allowed the task is ignored by applying the ignore error strategy.
  • retryThenFinish: task execution is retried in case of error, if the errors exceed the maximum number allowed the execution is stopped by applying the finish error strategy.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Estude a implementação existente de estratégias de erro no Nextflow, especificamente a estratégia de retry e como são aplicados ignore e finish. Em seguida, implemente duas novas estratégias que estendem o comportamento de retry com esses fallbacks.
Pilha de tecnologia
groovy
Domain
backend
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Nextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
50