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A flag to remove quotation marks from index file

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#5.546 aberto em 27 de nov. de 2024

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Description

New feature

Usage scenario

I want to create a several entry point for the pipeline, so that users would be able to rerun my pipeline from the middle. This requires a creation of file list which are required to run pipeline from middle entry point (see example).

Suggest implementation

For this I find index file creation a very useful feature. The only problem is that quotation marks are added to the values. This makes index files more difficult to read as well as prevents a direct reading from them with .splitCsv operator as quotation marks are still left. This causes an error:

ERROR ~ Error executing process > 'PYCISTOPIC:INFERPEAKS:InferConsensus (22)'
Caused by:
  Not a valid path value: '"home/launchdir/results/narrowPeaks/neurons_peaks.narrowPeak"'

So it would be great to have a way to remove quotation marks from index file

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
A solicitação é por uma flag para remover aspas dos arquivos de índice gerados pelo Nextflow. Comece examinando a lógica de escrita de arquivos de índice no código fonte do Nextflow, provavelmente em torno da classe `IndexFile` ou componentes relacionados do pipeline. Procure onde as aspas são adicionadas aos caminhos de arquivo e considere adicionar uma opção de configuração (por exemplo, `quoteIndexValues`) que por padrão seja `true` para compatibilidade com versões anteriores.
Pilha de tecnologia
groovy
Domain
clideveloper experience
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Recente
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Familiarity with Nextflow internalsGroovy programming
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
60