nextflow-io/nextflow

"Missing project main script" error when there is a directory with the workflow name

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#5.073 aberto em 18 de jun. de 2024

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Description

Bug report

Expected behavior and actual behavior

Expected behaviour

Pipelines runs successfully

Actual behaviour

Nextflow exist with a Missing project main script error when run in a specific directory

What was happening?

The directory contained a sub-directory with the same name as the workflow. Presumably Nextflow was then looking in that directory instead of pulling the remote workflow.

I think that's reasonable behaviour but it would be nice to have a more informative error message if possible and wanted to note it down in case someone else had the same problem.

Steps to reproduce the problem

mkdir hello
nextflow run hello

Program output

N E X T F L O W   ~  version 24.04.2

Missing project main script: hello/main.nf

nextflow.log

Environment

  • Nextflow version: 24.04.2 build 5914
  • Java version: openjdk 21.0.3 2024-04-16
  • Operating system: Ubuntu
  • Bash version: zsh 5.9 (x86_64-pc-linux-gnu)

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Investigue a implementação do comando `nextflow run` na CLI do Nextflow. Procure a lógica que resolve o diretório do projeto e o script principal quando o argumento corresponde a um diretório local. A mensagem de erro 'Missing project main script: {dir}/main.nf' provavelmente é gerada em `src/main/groovy/nextflow/cli/CmdRun.groovy` ou similar. Verifique a condição que leva a esse erro quando existe um subdiretório com o mesmo nome. Considere adicionar uma verificação para priorizar fluxos de trabalho remotos em vez de diretórios locais, ou fornecer uma mensagem de erro mais informativa sugerindo que o usuário remova ou renomeie o diretório local.
Pilha de tecnologia
groovy
Domain
cli
Tipo Issue
Bug
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-3 horas
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
Basic Nextflow usageHow to run a Nextflow pipeline
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
70