nextflow-io/nextflow

Add an option to the file method to check for md5sum

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#2.491 aberto em 14 de dez. de 2021

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Description

After discussion on the nf-core slack, we (@ewels, @mahesh-panchal) think that it would be useful to add a native option to the file method to check the integrity of the files that are staged. Using the example shown in the documentation here, an option that might be named checksum should allow providing the hash in a similar manner to the code below:

pdb = file('http://files.rcsb.org/header/5FID.pdb', checksum: 'ba45addcc599af2ac71492f0f55da866')

The idea will be that the hash of the file is calculated either if the file is staged or if it is already present in the cage by a previous execution and that if the hash does not match the provided by the user an exception is raised, similarly to what happens when checkIfExists option is set to true and the file is not found in the system.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Encontre a implementação da classe File no Nextflow, localize onde o staging ocorre e adicione uma opção de checksum que valide o hash MD5 em relação ao valor fornecido. Levante uma exceção se houver incompatibilidade.
Pilha de tecnologia
groovy
Domain
backenddevopstooling
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
1-2 dias
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Claro
Prerequisites
GroovyNextflow
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
50