Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Ensembl Optimisation

Aberta

#9 aberto em 10 de dez. de 2024

Ver no GitHub
 (1 comentário) (0 reação) (3 responsáveis)Python (1 fork)auto 404
backendenhancementhelp wantedsprint3

Métricas do repositório

Stars
 (0 estrela)
Métricas de merge de PR
 (Nenhuma PRs mesclada em 30d)

Description

Trello: https://trello.com/b/WAMAUQjB/stp-year2-software-eng-project The api_ensembl code takes the ENSG IDs from panelgenemapper and uses it as input for an api request which will retrieve the bed file for all the exons within the genes in the specified panel.

For R-code 58 it has 123 genes and takes 4 minutes and 46 seconds to run - Need help trying to optimize timings for this.

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Perfile o script atual para identificar gargalos, explore o processamento em lote de solicitações à API Ensembl, considere armazenar respostas em cache localmente e use solicitações paralelas quando possível.
Pilha de tecnologia
python
Domain
backendapi
Tipo Issue
Performance
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
2
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
Meio dia
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Principalmente claro
Prerequisites
GitPythonREST API
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
65