Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Bed file integration

Aberta

#3 aberto em 20 de nov. de 2024

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Description

Issue:

I have managed to extract the gene name start, end and chromosome from ensembl api. However, I am having trouble figuring out how to convert this to a bed file with all the transcripts for the gene

Guia do colaborador

Direção de pesquisa
Investigue como usar a API REST do Ensembl para buscar todos os transcritos de um gene e entenda o formato do arquivo BED. Em seguida, explore como mapear as coordenadas do gene para as coordenadas dos transcritos e gerar um arquivo BED em Python.
Pilha de tecnologia
python
Domain
data
Tipo Issue
Funcionalidade
DifficultyDificuldade de implementação estimada para um novo contribuidor, de 1 para alterações muito pequenas a 5 para trabalho de nível especializado.
3
Tempo estimadoUm intervalo de tempo aproximado para um colaborador experiente investigar, implementar, testar e preparar um pull request.
Meio dia
Status da atividadeQuão disponível o issue aparece agora: novo, ativo, obsoleto, bloqueado ou aguardando entrada do mantenedor.
Ativo
ClarityCom que clareza o issue explica a mudança esperada, os critérios de aceitação e a próxima etapa.
Principalmente claro
Prerequisites
Git
Simpatia para novatosUma pontuação de 1 a 100 que estima o quão acessível este issue é para colaboradores iniciantes.
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