sanger-tol/sequencecomposition

Gap coordinates report

オープン

#54 opened on 2026/06/04

GitHub で見るコントリビューターガイド
 (0 件のコメント) (0 件のリアクション) (0 人の担当者)Nextflow (3 件のフォーク)auto 404
enhancementgood first issueuser request

Repository metrics

Stars
 (2 個のスター)
PR merge metrics
 (PR metrics pending)

説明

Description of feature

Run seqtk gap -l 0 to get a BED file with the gap coordinates. Send the file to bgzip, tabix, etc.

This would be the time we introduce a list of "tools" or "steps" that the user could configure

コントリビューターガイド

調査方針
Nextflowワークフローを調査して、ステップがどのように定義され、パラメータ化されているかを理解し、`seqtk gap l 0`を実行し、出力をbgzipとtabixで処理するギャップ座標レポートを追加するための設定可能なオプションを設計してください。
技術スタック
groovyshell
領域
bioinformatics
Issue 種別
機能
難度新しい貢献者にとっての実装難度です。1 は非常に小さな変更、5 は専門的な作業です。
3
推定時間経験ある貢献者が調査、実装、テスト、pull request 準備にかけるおおよその時間範囲です。
1-2日
活動状況Issue が今どれだけ取り組みやすいかを示します。新しい、活発、古い、ブロック中、またはメンテナー入力待ちなどです。
新着
明確さ期待される変更、受け入れ条件、次の手順がどれだけ明確かを示します。
明確
前提条件
GitNextflow
初心者向け度初回貢献者にどれだけ取り組みやすいかを 1-100 で推定したスコアです。
55