r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

Open

#9 opened on 2018年5月16日

GitHub で見る
 (0 comments) (0 reactions) (3 assignees)Python (11 forks)github user discovery
feature requesthelp wanted

Repository metrics

Stars
 (104 stars)
PR merge metrics
 (PR metrics pending)

説明

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

コントリビューターガイド

調査方針
edgeRのドキュメントに従ってFPKM正規化を実装し、次にTMM、RLE、upper quantile正規化を進めてください。既存のCPMとRPKMの実装と一貫性を保ってください。
技術スタック
python
領域
bioinformatics
Issue 種別
機能
難度新しい貢献者にとっての実装難度です。1 は非常に小さな変更、5 は専門的な作業です。
3
推定時間経験ある貢献者が調査、実装、テスト、pull request 準備にかけるおおよその時間範囲です。
1-2日
活動状況Issue が今どれだけ取り組みやすいかを示します。新しい、活発、古い、ブロック中、またはメンテナー入力待ちなどです。
アクティブ
明確さ期待される変更、受け入れ条件、次の手順がどれだけ明確かを示します。
明確
前提条件
Pythonbiology fundamentals
初心者向け度初回貢献者にどれだけ取り組みやすいかを 1-100 で推定したスコアです。
50