Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Bed file integration

オープン

#3 opened on 2024/11/20

GitHub で見る
 (1 件のコメント) (0 件のリアクション) (1 人の担当者)Python (1 件のフォーク)auto 404
backendbughelp wantedsprint3

Repository metrics

Stars
 (0 個のスター)
PR merge metrics
 (PR metrics pending)

説明

Issue:

I have managed to extract the gene name start, end and chromosome from ensembl api. However, I am having trouble figuring out how to convert this to a bed file with all the transcripts for the gene

コントリビューターガイド

調査方針
Ensembl REST APIを使用して遺伝子のすべての転写産物を取得する方法と、BEDファイル形式を理解してください。次に、遺伝子座標を転写産物座標にマッピングし、PythonでBEDファイルを生成する方法を調査してください。
技術スタック
python
領域
data
Issue 種別
機能
難度新しい貢献者にとっての実装難度です。1 は非常に小さな変更、5 は専門的な作業です。
3
推定時間経験ある貢献者が調査、実装、テスト、pull request 準備にかけるおおよその時間範囲です。
半日
活動状況Issue が今どれだけ取り組みやすいかを示します。新しい、活発、古い、ブロック中、またはメンテナー入力待ちなどです。
アクティブ
明確さ期待される変更、受け入れ条件、次の手順がどれだけ明確かを示します。
おおむね明確
前提条件
Git
初心者向け度初回貢献者にどれだけ取り組みやすいかを 1-100 で推定したスコアです。
65