Support filename with spaces

Metriche repository

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299 stelle (299 stelle)

Metriche merge PR

Nessuna PR mergiata in 30 g (Nessuna PR mergiata in 30 g)

Descrizione

FASTA file to format: /passenger/yannick/sequenceserver/databases/query sadf copy.fa
FASTA type: nucleotide
Proceed? [y/n] (Default: y): y
Enter a database title or will use 'query sadf copy':
Enter taxid (optional):
Could not create BLAST database for: /passenger/yannick/sequenceserver/databases/query sadf copy.fa
Tried: makeblastdb -parse_seqids -hash_index -in '/passenger/yannick/sequenceserver/databases/query sadf copy.fa' -dbtype nucl -title 'query sadf copy' -taxid 0
stdout:
stderr: BLAST options error: Please provide a database name using -out

Guida contributor

Direzione di ricerca

Indaga il codice che costruisce il comando makeblastdb. Assicurati che quando il nome del file di input contiene spazi, il comando includa correttamente l'opzione ' out' con un nome di database valido.

Tech stack

javascript

Dominio

backend

Tipo issue

Bug

DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.

3

Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.

1-3 ore

Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.

Attiva

ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.

Chiara

Prerequisiti

Basic command lineBLAST understanding

Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.

60