seanome/kmerseek

Get Uniprot domains from overlapping regions found in k-mers

Aperta

#6 aperta il 11 feb 2025

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Metriche repository

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Descrizione

Initial work started in this PR https://github.com/seanome/kmerseek/pull/1 in src/kmerseek/uniprot.py, but it's just a dummy function with pass. Would probably involve JSON and/or XML parsing to search through Uniprot data, but more likely XML because that's the easiest download from the regular Uniprot releases. Also see: https://github.com/olgabot/botryllus-mhc/blob/main/notebooks/400_query_uniprot_rest_api.ipynb

Guida contributor

Direzione di ricerca
Esamina la PR collegata (#1) e il notebook per comprendere il formato dei dati e l'API. Implementa la funzione in uniprot.py per analizzare l'XML di Uniprot ed estrarre i domini dalle regioni k mer sovrapposte.
Tech stack
rust
Dominio
databioinformatics
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
Mezza giornata
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Nuova
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
RustXML parsing
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
40