seanome/kmerseek

Figure out why "manysearch" and "multisearch" aren't working with rocksdbs

Aperta

#4 aperta il 11 feb 2025

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Descrizione

Right now, have to use zipped signatures for both manysearch and multisearch, but theoretically, RocksDB indices should work, according to the branchwater documentation. I don't know why this isn't working, but this will require some digging into the Branchwater Rust code, specifically multicollection::from_rocksdb here: https://github.com/sourmash-bio/sourmash_plugin_branchwater/blob/776727091d78af7de4990578ec6d07b12882c1b8/src/utils/multicollection.rs#L193

Will also need to create a custom conda environment with development versions of both sourmash_plugin_branchwater, kmerseek, so this one is a bit advanced.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Esamina la funzione multicollection::from rocksdb in sourmash plugin branchwater/src/utils/multicollection.rs per capire perché gli indici RocksDB non sono supportati per manysearch e multisearch. Traccia i percorsi del codice per identificare dove si verifica la restrizione alle firme zippate.
Tech stack
rust
Dominio
backend
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
Mezza giornata
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
GitRust
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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