sanger-tol/sequencecomposition

Gap coordinates report

Aperta

#54 aperta il 4 giu 2026

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Descrizione

Description of feature

Run seqtk gap -l 0 to get a BED file with the gap coordinates. Send the file to bgzip, tabix, etc.

This would be the time we introduce a list of "tools" or "steps" that the user could configure

Guida contributor

Direzione di ricerca
Investiga il flusso di lavoro Nextflow per capire come vengono definiti e parametrizzati i passaggi, quindi progetta un'opzione configurabile per aggiungere un report delle coordinate dei gap eseguendo `seqtk gap l 0` e processando l'output con bgzip e tabix.
Tech stack
groovyshell
Dominio
bioinformatics
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Nuova
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GitNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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