sanger-tol/sequencecomposition

Transcript mappability

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#31 aperta il 2 mag 2022

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Descrizione

Description of feature

This is ideally done with RNA-seq data. It is equal to percentage of reads mapped to the genome. Possible software: WGSIM

Guida contributor

Direzione di ricerca
Esamina la struttura della pipeline Nextflow e le definizioni dei processi esistenti. Indaga su come utilizzare WGSIM per simulare le letture e calcolare la percentuale di letture mappate sul genoma.
Tech stack
groovy
Dominio
data
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
Mezza giornata
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Nuova
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
GitNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
65