sanger-tol/sequencecomposition

Genome mappability

Aperta

#30 aperta il 2 mag 2022

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Metriche repository

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Descrizione

Description of feature

It is equal to percentage of reads mapped to the genome. Possible software: WGSIM

Guida contributor

Direzione di ricerca
Inizia esplorando la struttura del repository e i moduli Nextflow esistenti per capire come vengono calcolate e riportate le statistiche. Identifica il file del flusso di lavoro principale e come vengono definiti i processi. Poi indaga come aggiungere un nuovo processo per la mappabilità. Considera l'uso di WGSIM per simulare letture dal genoma, allinearle di nuovo al genoma e calcolare la percentuale di letture mappate. Controlla la configurazione del container (ad es. Docker o Conda) per vedere come vengono integrati gli strumenti esterni.
Tech stack
Nessuno
Dominio
data
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GitNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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