sanger-tol/sequencecomposition

Stop codon frequency track

Aperta

#26 aperta il 17 giu 2024

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Descrizione

Implement this as a follow-up to fasta_windows, which already count the frequencies of every 3-mer.

We may need to add a parameter to the pipeline to select the right codon table (or add a taxon_id parameter ? is it recorded already in the JSON we get from NCBI datasets ?)

Guida contributor

Direzione di ricerca
Ispeziona il modulo fasta windows esistente per capire come vengono calcolate le frequenze dei 3 mer. Determina dove aggiungere la traccia della frequenza dei codoni di stop e come parametrizzare la tabella dei codoni. Controlla se il JSON di input da NCBI datasets include taxon id per selezionare automaticamente la tabella dei codoni corretta.
Tech stack
groovyshell
Dominio
bioinformaticsdata
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
GitNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
60