sanger-tol/sequencecomposition

LTR retrotransposons from `LTRharvest`

Aperta

#18 aperta il 2 giu 2024

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Descrizione

Copy the functionality from the GDA pipeline.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Esplora la pipeline GDA (https://github.com/sanger tol/gda) per individuare il codice che gestisce i retrotrasposoni LTR, in particolare i moduli o i processi che utilizzano LTRharvest. Comprendi come la pipeline GDA integra questa funzionalità e quali input/output si aspetta. Quindi confrontala con la struttura di sequencecomposition per determinare dove e come aggiungere una funzionalità simile, seguendo i moduli Nextflow e i pattern di workflow esistenti.
Tech stack
groovy
Dominio
bioinformatics
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Richiede indagine
Prerequisiti
GitNextflow
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50