sanger-tol/sequencecomposition

stainedglass self-alignment heatmap

Aperta

#14 aperta il 28 nov 2023

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Metriche repository

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Descrizione

Description of feature

stainedglass is particularly useful for disentangling tandem repeat structures and segmental duplications. Under the hood, it is a snakemake workflow of bwa mem alignments of chunked genome + some custom scripts for transformation of the alignments into a heatmap. It can produce higlass-compatible cooler output:

cd StainedGlass
samtools faidx ref.fa
snakemake --use-conda --cores 16 cooler_density --config nbatch=4 alnthreads=4 fasta=ref.fa window=32 cooler_window=100 sample=sample_id

Guida contributor

Direzione di ricerca
Esaminare la struttura del workflow Nextflow del repository, esaminare i processi esistenti per capire come aggiungerne uno nuovo e studiare StainedGlass per vedere come incorporare la generazione della heatmap di auto allineamento nella pipeline. Inoltre, leggere i commenti dell'issue per eventuali requisiti specifici.
Tech stack
groovyshell
Dominio
databackend
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
GitNextflowGroovyShell
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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