roybens/MEA_Analysis

Preprocessing: SpikeInterface local CMR local_radius=(250,250) likely empty annulus; falls back to global

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#125 aperta il 2 feb 2026

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Descrizione

Summary

Local common median reference (CMR) in preprocessing seems like it should fail local_radius=(250, 250), causing fallback to global CMR every time. Not sure if this is the intent, or if I'm misunderstanding the code. I also wrote a note near the offending code for greater context (in aw_dev branch)

Impact

  • Potentially changes preprocessing behavior and downstream burst/network metrics.
  • Might be happening on most/ all runs (needs confirmation).

Where

MEA_Analysis/IPNAnalysis/mea_analysis_routine.py in run_preprocessing():

rec = spre.common_reference(rec, reference='local', operator='median', local_radius=(250, 250))

Expected behavior

  • Warning logged: Local CMR failed (missing locations?), using Global CMR.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Ispeziona il parametro local radius nella chiamata common reference per determinare perché porta a un annulus vuoto, causando il fallback al CMR globale.
Tech stack
python
Dominio
data
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
PythonGit
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
75