r-bioinformatics/edgePy

data normalization functions

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#9 aperta il 16 mag 2018

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Metriche repository

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Descrizione

Functions for normalizing read count data:

First:

(and other normalization methods)

  • TMM
  • RLE
  • UPPERQUANTILE

Guida contributor

Direzione di ricerca
Implementa la normalizzazione FPKM come mostrato nella documentazione di edgeR, poi procedi con TMM, RLE e normalizzazione dell'upper quantile. Assicura coerenza con le implementazioni esistenti di CPM e RPKM.
Tech stack
python
Dominio
bioinformatics
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Pythonbiology fundamentals
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
50