r-bioinformatics/edgePy

design testing procedures

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#10 aperta il 16 mag 2018

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Descrizione

Design procedures for testing the analysis workflow and comparing it to the edgeR/limma/Glimma R implementation so that we can ensure reproducibility, test performance, features, parity, upgrades, etc.

This could possibly include things such as:

  • reproducing DGE analysis from published studies in both the R workflows and the python workflows.
  • performing DGE analysis on publicly available datasets such as human cell line data, public data from GEO, etc, as long as the datasets are openly available to use.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Progettare procedure di test per confrontare gli output di edgePy con edgeR/limma/Glimma utilizzando dataset pubblici. Concentrarsi sulla riproduzione di analisi DGE pubblicate e garantire la parità delle funzionalità.
Tech stack
python
Dominio
testing
Tipo issue
Test
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-2 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
PythonRDifferential Expression Analysis
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
40