pymc-devs/pymc

Use same API for defining internal and external Nuts kwargs

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#6757 aperta il 7 giu 2023

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Metriche repository

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Descrizione

Description

User on discourse reported:

How can I set the maximum tree depth for the NUTS method from the numpyro library? The way described in the test file test_mcmc_external.py doesn’t work:

import pymc as pm
import numpy as np

with pm.Model():
        a = pm.Normal("a")
        idata = pm.sample(nuts_sampler = "numpyro",
                          target_accept = 0.99,
                          nuts = {"max_treedepth": 1},
                          random_seed = 1410)

print(np.max(idata.sample_stats.tree_depth))
# <xarray.DataArray 'tree_depth' ()>
# array(4)

and specifying something via the nuts_kwargs argument throws ValueError: Unused step method arguments: {'nuts_kwargs'}.

I don't know if nuts should be converted to nuts_kwargs, but even if a user were to pass nuts_kwargs to sample, those wouldn't make it to the sample_numpyro_nuts function because we drop arbitrary kwargs passed here:

https://github.com/pymc-devs/pymc/blob/261862d778910a09c5b61edcc66958519a86815e/pymc/sampling/mcmc.py#L252

Guida contributor

Direzione di ricerca
Ispeziona come vengono gestiti i kwargs nella chiamata sample() e come vengono passati a sample numpyro nuts, in particolare intorno alla riga 252 di mcmc.py. Assicurati che il parametro 'nuts' (o 'nuts kwargs') venga correttamente inoltrato e non eliminato.
Tech stack
python
Dominio
backend
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
PythonPyMC
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
55