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Refactor `EmpiricalGroup` to take `InferenceData` inputs

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#5884 aperta il 12 giu 2022

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Descrizione

To decrease our dependence on MultiTrace, and to improve support for workflows were InferenceData objects are saved to disk, the EmpiricalGroup approximation should be refactored.

Currently it takes only MultiTrace inputs, but that's just because it needs access to transformed posterior draws. Since the approximation is created inside a modelcontext, it should be no problem to get the transforms from the Model and apply them to untransformed posterior draws.

Steps

  1. Write a function to transform posterior draws given a pm.Model instance and an xarray.Dataset (e.g. idata.posterior) containing untransformed draws.
  2. Refactor EmpiricalGroup to work with that xarray variable instead of a MultiTrace
  3. Maintain backwards-compatibility (with a deprecation warning) by automatically converting MultiTrace inhputs to InferenceData internally

Guida contributor

Direzione di ricerca
Scrivi una funzione per trasformare i campioni posteriori dati un pm.Model e un xarray.Dataset, quindi rifattorizza EmpiricalGroup per utilizzare quella funzione, mantenendo la retrocompatibilità con un avviso di deprecazione per gli input MultiTrace.
Tech stack
python
Dominio
backend
Tipo issue
Refactoring
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
PythonPyMCxarray
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
60