pymc-devs/pymc

Increase support for batched multivariate distributions

Open

#5383 aperta il 24 gen 2022

Vedi su GitHub
 (9 commenti) (0 reazioni) (0 assegnatari)Python (1902 fork)batch import
enhancementshelp wanted

Metriche repository

Star
 (7926 star)
Metriche merge PR
 (Merge medio 11g) (7 PR mergiate in 30 g)

Descrizione

The logp of several multivariate distributions does not work (or is not tested) for arbitrarily batched dimensions. Some cases I could confirm include:

  • MvNormal - #6897
  • MvStudentT #6897
  • KroneckerNormal
  • MatrixNormal
  • LKJCorr
  • LKJCholeskyCov
  • StickBreakingWeights (alpha) #6042
  • Wishart (may be fine to ignore) #8246
  • CARRV (maybe better to leave this one as is)

Reproducible code:

size = (4, 3)
pm.logp(pm.MvNormal.dist(mu=np.ones(2), cov=np.eye(2), size=size), np.ones((*size, 2)))
# ValueError: Invalid dimension for value: 3
pm.logp(pm.MvStudentT.dist(nu=3, mu=np.ones(2), cov=np.eye(2), size=size), np.ones((*size, 2)))
# ValueError: Invalid dimension for value: 3

Distributions that already support (and have tests for) arbitrary shapes

Guida contributor

Direzione di ricerca
Ispeziona l'implementazione del metodo logp per ogni distribuzione multivariata elencata e traccia la gestione della forma per identificare dove le dimensioni batch falliscono.
Tech stack
python
Dominio
datamachine learningaibackend
Tipo issue
Bug
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
3-5 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
PythonPyMCProbability
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
55