pyg-team/pytorch_geometric

Support filesystem abstraction with fsspec or epath.

Open

#8336 aperta il 7 nov 2023

Vedi su GitHub
 (9 commenti) (1 reazione) (1 assegnatario)Python (3514 fork)batch import
datasetfeaturehelp wanted

Metriche repository

Star
 (19.985 star)
Metriche merge PR
 (Merge medio 16g 3h) (13 PR mergiate in 30 g)

Descrizione

🛠 Proposed Refactor

I propose that we replace usage of core python I/O e.g., open, exists, is_file, makedirs, with equivalent filesystem abstraction that allows dispatch to appropriate filesystem backends. This would allow users of your library to easily work with remote filesystems as they work with local filesystems.

E.g.,

from torch_geometric.datasets import Planetoid
from torch_geometric.transforms import NormalizeFeatures
dataset = Planetoid(root='gs://data/Planetoid', name='Cora', transform=NormalizeFeatures())

Suggest a potential alternative/fix

Either of two popular libraries can be used, fsspec or epath could be used to replace the existing calls to built-in functions that assume local filesystem.

I am happy to make a PR for this if I know the preference of filesystem abstraction library and any other concerns.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Il problema propone di sostituire le chiamate I/O di Python con fsspec o epath nella libreria pytorch geometric. I commenti esistenti potrebbero contenere risposte dei manutentori riguardo alla preferenza della libreria. L'assegnatario potrebbe essere al lavoro su una soluzione. Non sono state trovate PR collegate.
Tech stack
python
Dominio
backend
Tipo issue
Refactoring
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
3-5 giorni
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Bloccata
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
Python programmingFile system operationsfsspec or epath concepts
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
45