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Any possiblity to require users to upload correction factors for TMT data in PRIDE?

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#723 aperta il 11 set 2024

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Descrizione

Hi everyone,

Our group is recently working with TMT datasets from published data. When we search for the dataset, we found that very few research provide the imputrity correction factors for the TMT dataset in the article, which made it impossible to reanalyze the data properly.

We're wondering if in the future, it would be possible to require users to provide the impurity correction factors, or the Lot # of the TMT reagent kit, when they upload the TMT dataset to PRIDE? We believe it'll help a lot to improve the reproducibility and reanalysis of the TMT datasets.

Best, Jinqiu

Guida contributor

Direzione di ricerca
Analizza lo schema dei metadati di invio PRIDE e identifica dove possono essere aggiunti i fattori di correzione TMT. Esamina gli esempi esistenti nel repository per comprendere il formato standard.
Tech stack
Nessuno
Dominio
database
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Chiara
Prerequisiti
GitProteomics
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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