bigbio/proteomics-sample-metadata

Metabolomnics technology type

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#702 aperta il 22 apr 2024

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Descrizione

We have two technology types for metabolomics:

  • LC-MS-based metabolomics: @mmattano used (https://github.com/bigbio/proteomics-sample-metadata/pull/680) in the PR the EDAM ontology NT=LC-MS-based metabolomics;AC=EDAM:3172 we should move this term to PSI-MS or PRIDE ontologies.
  • NMR metabolomics: Similar to the previous term, we should move it into PSI-MS or PRIDE ontologies. The main reason is because we use these two ontologies to handle data properties (comment).

To be discussed.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Identificare i corretti termini dell'ontologia PSI MS o PRIDE per la metabolomica basata su LC MS e la metabolomica NMR. Discutere e proporre modifiche per spostare i termini di conseguenza.
Tech stack
Nessuno
Dominio
data
Tipo issue
Refactoring
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
1-3 ore
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
Nessuno
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
70