Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Ensembl Optimisation

Aperta

#9 aperta il 10 dic 2024

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Descrizione

Trello: https://trello.com/b/WAMAUQjB/stp-year2-software-eng-project The api_ensembl code takes the ENSG IDs from panelgenemapper and uses it as input for an api request which will retrieve the bed file for all the exons within the genes in the specified panel.

For R-code 58 it has 123 genes and takes 4 minutes and 46 seconds to run - Need help trying to optimize timings for this.

Guida contributor

Direzione di ricerca
Profila lo script corrente per identificare i colli di bottiglia, esplora l'elaborazione in batch delle richieste all'API Ensembl, considera la memorizzazione nella cache locale delle risposte e usa richieste parallele quando possibile.
Tech stack
python
Dominio
backendapi
Tipo issue
Performance
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
2
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
Mezza giornata
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
GitPythonREST API
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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