Miladeb77/Y2_Genepanel_project

Bed file integration

Aperta

#3 aperta il 20 nov 2024

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Metriche repository

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Descrizione

Issue:

I have managed to extract the gene name start, end and chromosome from ensembl api. However, I am having trouble figuring out how to convert this to a bed file with all the transcripts for the gene

Guida contributor

Direzione di ricerca
Investiga su come utilizzare l'API REST Ensembl per recuperare tutti i trascritti di un gene e comprendere il formato del file BED. Quindi esplora come mappare le coordinate del gene alle coordinate dei trascritti e generare un file BED in Python.
Tech stack
python
Dominio
data
Tipo issue
Funzionalità
DifficoltàQuanto dovrebbe essere impegnativa per un nuovo contributor.
3
Tempo stimatoTempo stimato per completare e verificare uno scope piccolo.
Mezza giornata
Stato attivitàQuanto è probabile che la issue sia ancora attiva e reviewable.
Attiva
ChiarezzaQuanto chiaramente la issue descrive problema, scope e risultato atteso.
Abbastanza chiara
Prerequisiti
Git
Adatta ai principiantiQuanto la issue è adatta a contributor alla prima esperienza.
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